为进一步加强住房公积金资金安全管理，2012年元月管理中心正式施行“统一制度、数据集中、统一核算”的财务管理模式。
新的管理模式，是财务会计管理模式和财务会计业务流程的全新改革，取消了管理部原先分级单独核算，实现中心财务科会计统一集中核算的一级财务核算管理。核算内容和核算操作流程统一由管理中心财务科负责，所有核算的会计数据都集中在一个账套中进行处理，市本级对所有会计业务进行复核监督、记账及编制报表。县（区）管理部只设置一名制单岗位，负责管理部的单据录入及对账。会计统一集中核算的管理模式有利于会计核算业务的监控，把监督窗口前移，及时掌握资金账户动态信息，优化资源配置，加强了资金运作安全，实现资金保值、增值管理。
管理中心领导对此次财务管理改革非常重视，为确保此项业务的顺利开展，管理中心领导亲自带队到区内、外兄弟管理中心进行调研，借鉴先进管理中心成功经验。管理中心财务科从组织实施、处理流程、核算分工、资金拨付、安全控制、业务培训等方面做了大量的工作；信息科对集中统一管理核算系统进行了全新的改造，确保公积金财务核算管理顺利上线。该模式经过一个多月的试行，财务统一核算管理工作取得了很大的成效，实现中心内控、内审为主，外部监管为辅，寓监控于内控，达到预期效果，强化了管理中心资金科学安全管理。